2018年10月28日 星期日

最接近真核細胞之原核細胞—洛基古菌(Lokiarchaeota) 10-28-2018



最接近真核細胞之原核細胞—洛基古菌(Lokiarchaeota)

1.  古生物學家估計大約20億年前,真核細胞出現在地球上,但是真核細胞到底是由何種原核細胞演化而來?大家一直疑惑不清!

2.  2015年發現洛基古菌(Lokiarchaeota)!洛基古菌基因組(genome)中的基因,是原核細胞中目前最接近真核細胞的:

a.   細胞骨架(Cytoskeleton)的基因 (5對肌動蛋白(Actins)的基因)  

b.   細胞膜重塑(Membrane remodeling)的基因

c.   修飾泛素(Ubiquitin)的基因

d.   胞吞或胞噬作用(Endocytosis and/or phagocytosis)的基因

e.   許多對GTPase的基因

   都與真核細胞的基因相似。


01.  2015年,於格陵蘭與挪威之間,大西洋中洋嵴,海深2,352公尺的深海熱泉—洛基城堡(Loki Castle)15公里,發現的洛基古菌(Lokiarchaeota),被認為是目前最接近真核細胞之原核細胞。

(Lokiarchaeota are the closest known prokaryotic relatives of eukaryotes.)



02.  洛基古菌的基因與真核細胞的基因,有著驚人的相似性,表示牠們很可能具有相同的祖先。

(The Lokiarchaea are surprisingly similar to modern eukaryotes, suggesting they share a relatively recent common ancestor.)





03.  2015年,在它附近15公里處,發現洛基古菌的洛基城堡(Loki Castle),是一處深海熱泉生態系(Hydrothermal Vent Ecosystem)




Loki's Castle - Black-smoker (洛基城堡—黑煙囪=深海熱泉生態系)
30秒的短片,拍攝海深2,352公尺洛基城堡黑煙囪的實景。




3.  瑞典烏普薩拉大學(Uppsala University) Thijs Ettema領導的研究小組表示,在格陵蘭和挪威間的大西洋深海,2015年發現的微生物洛基古菌(Lokiarchaeota),應該就是原核細胞演化為真核細胞的關鍵

4.  對原核細胞演化的軌跡,古生物學家只能從 DNA 序列的比對來推敲,因為這些,必須以顯微鏡才能觀察得到的單細胞微生物,沒有任何堅硬的構造,很難沉積成化石讓古生物學家檢驗。

5.  而生命的演化來自海洋,所以古生物學家們認為,或許還有一些,存活於深海中的古老微生物,以數億年完全沒有改變的古老方式,(也就是基因組中的基因,沒有任何變化的狀態),依然存活著。

6.  基於這樣的考量,在深海探勘的技術足夠進步之後,許多的古生物學家,一直熱衷於研究深海微生物這塊領域。

7.  2015年找到的洛基古菌(Lokiarchaeota),發現的團隊認為是,原核細胞與真核細胞之間的橋梁。


04. 洛基古菌(Lokiarchaeota),有可能是原核細胞(Prokaryotic cells)與真核細胞(Eukaryotic cell)間之橋梁。

此圖洛基古菌圈圈的用色較淡,而且還打上?因為還是有專家對洛基古菌的存在存疑。


或是洛基古菌,是否是原核細胞與真核細胞間之橋梁,這樣的說法存疑。





05. 細胞學以及分子生物學方面,比較細菌(Bacteria)、古菌(Archaea)以及真核生物(Eukarya)之異同。




表一、細胞學以及分子生物學方面,細菌、古菌以及真核細胞之異同。

         
      
       
       
       
            
           
單條環狀
單條環狀
多條直線狀
     
類似組織蛋白
細胞分裂方式    
二分裂
二分裂
有絲分裂/減數分裂
核醣體之大小
70S
70S
80S
細胞隔間化
細胞壁
胜肽聚醣
非胜肽聚醣
植物纖維素
真菌幾丁質(chitin)
基因有無插入子
有些具有
RNA聚合酶
1
數種
3
結構基因之啟動者
-35
-10序列
TATA box
TATA box
蛋白質合成之啟始胺基酸
醛基甲硫胺酸
甲硫胺酸
甲硫胺酸
演化出現的時間
最早
其次
最晚



8.   不管是05.表一、網友們不用在乎看明白多少,只要大家能感覺得到,古菌與真核生物的親緣關係較密切就好。


06. 古菌雖然稱為古老細菌(ARCHAEA),但在演化上比真的細菌(BACTERIA)較晚出現。

EUKARYOTES真核生物的種類

SINGLE-CELLED EUKARYOTES單細胞真核生物

ALGAE藻類

FUNGI真菌

PLANTS植物

ANIALS動物



參考資料:

Anja Spang et al.

Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes.

Nature, published online May 06, 2015; doi: 10.1038/nature14447



9.  就好像天文學家,沒有人願意去碰觸,大霹靂之前的宇宙是甚麼樣子?這一類的問題。生物學家也一樣沒有人知道,為何細胞體積約只有真核細胞1/1,000的原核細胞,突然體積增大了一千倍?還不只體積增大一千倍,細胞裡面增加許多的胞器(organelles),而且這些胞器非常精緻而井然有序的排列著,所謂細胞的隔間化(Cellular Compartmentation)!既使到今天,我們對這些事實只能說:知其然,而不知其所以然?

10. 更別問:蛋白質在地球早期那鍋濃湯中,是怎麼產生的?

    DNARNA又是由何而來?基因呢?



基因是從哪來的?卡爾季默
 (Where do genes come from? - Carl Zimmer)
423秒之TED短片,以卡通圖的方式表達,新的基因從何而來?
主要是來自既有的DNA、基因發生突變。但是最原始的基因、DNA又是怎麼來的呢?

需要的網友,請直接上YOUTUBE網站點閱,因為有中文(台灣)的翻譯。





11. 篤信宗教的網友可能將這些問題?歸諸於佛祖、上帝或阿拉。信科學的網友可能將其歸諸於演化。反正,目前這些問題還沒有人知道!為何突然跟網友提及這些事情?因為個人覺得,只因發現洛基古菌的某些基因與真核細胞相似,而不考慮其它的問題,就表示發現原核真核細胞間之橋梁,這樣是不是會有點太小題大作呢!


07. 細胞隔間化(Cellular Compartmentation)—真核細胞精緻又井然有序的,區分成細胞膜(plasma membrane)、細胞核(nucleus)、內質網(endoplasmic reticulum)、高基式體(golgi complex)、溶酶(=)(lysosome)、過氧化氫小體(peroxisome)各式各樣的膜狀胞器的過程,稱為細胞隔間化。自從電子顯微鏡問世後,細胞學家觀察到這種現象,但至今不知原因為何?





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